Ο πρώτος ολοκληρωμένος προσωπικός του δίσκος κυκλοφόρησε το 1996 και είχε τίτλο «Αθώος Ένοχος». Την μουσική είχε επιμεληθεί ο Παναγιώτης Καλαντζόπουλος και τους στίχους η Ευανθία Ρεμπούτσικα ενώ από τον δίσκο ξεχώρισαν τα κομμάτια «Λέει, λέει, λέει» και «Αλεξάνδρεια».
Η καταξίωση έρχεται ο 1997 όταν κυκλοφορεί τον δίσκο «Μόνο ένα φιλί» που περιείχε τις διαχρονικές επιτυχίες «Επτά ποτήρια» και «Το τσιγάρο», δύο κομμάτια ορόσημο για τον καλλιτέχνη. Το άλμπουμ «Φύλακας Άγγελος» ήρθε δύο χρόνια αργότερα σε στίχους Ελένης Ζιώγα και μουσική Αντώνη Μιτζέλου και το ομώνυμο τραγούδι σημείωσε μεγάλη επιτυχία. Το 2000 μας συστήνει την δισκογραφική του δουλειά με τίτλο «Είναι δική μας η ζωή μας» στην οποία ο Γιάννης Κότσιρας φιλοξενεί την φωνή του Νίκου Πορτοκάλογλου.
Το 2002 κυκλοφορεί το άλμπουμ με τίτλο «Γιάννης Κότσιρας Live». Πρόκειται για ένα διπλό CD που περιλαμβάνει ηχογραφήσεις των εμφανίσεων του σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη κατά την περίοδο 1999-2001. Το πρώτο CD περιελάμβανε ερμηνείες από την προσωπική συλλογή του καλλιτέχνη ενώ στο δεύτερο τον ακούμε να ντύνει με τη φωνή του τα τραγούδια σπουδαίων τραγουδοποιών όπως οι Πλέσσας, Γούναρης, Νικολόπουλος, Μαν. Αγγελόπουλος, Καλδάρας, Πάνου, Σκορδίλης, Καζαντζίδης, Λοΐζος.
Το ζωντανό άλμπουμ μέσα σε λίγους μόνο μήνες ξεπέρασε τις 120.000 πωλήσεις και έγινε τριπλά πλατινένιο. Το 2003 στον δίσκο «Ξύλινο αλογάκι» την μουσική έχει γράψει ο Λαυρέντης Μαχαιρίτσας και τους στίχους ο Ισαάκ Σούσης ενώ ο Μαχαιρίτσας συμμετέχει παράλληλα και στο τραγούδι «Μικρόβια» που περιλαμβάνεται στον δίσκο.
To 2004 συνθέτει μαζί με τον Μανώλη Φάμελλο και τον Κώστα Λειβαδά την μουσική για τον δίσκο «30 και κάτι» που κυκλοφορεί από την MinosEMI. Την ίδια χρονιά ανέλαβε να τραγουδήσει ζωντανά στην τελετή έναρξης των Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας το επίσημο τραγούδι της Ολυμπιακής Λαμπαδοδρομίας “Pass the flame”. Το 2005 παρουσιάζει το μουσικό δημιούργημα «Ταξίδια Φιλιά», δια χειρός Κυριάκου Παπαδόπουλου και Βίκυς Γεροθοδώρου, ενώ έναν χρόνο αργότερα κυκλοφορεί η συνέχεια του με τίτλο «Περισσότερα..Ταξίδια Φιλιά».
Το 2008 είναι το έτος κυκλοφορίας ενός από τα πιο σημαντικά του άλμπουμ με τίτλο «Και πάλι παιδί» ο οποίος ολοκληρώθηκε στα Abbey Road Studios του Λονδίνου. Το ομώνυμο τραγούδι σημείωσε μεγάλη επιτυχία όπως και τα κομμάτια «Γύρω απ’ την αγάπη» και «Κάνε τον χειμώνα καλοκαίρι».
Το 2010 ο Γιάννης Κότσιρας μας συστήνει το δεύτερο live άλμπουμ του με τίτλο «Γιάννης Κότσιρας Live 2010». Στο άλμπουμ περιλαμβάνονται δύο CD τα οποία περιέχουν ζωντανές ηχογραφήσεις από τις συναυλίες του καλλιτέχνη κατά την περίοδο 2003-2010. Στον δίσκο συμπεριλήφθηκε και το καινούργιο τραγούδι «Αγάπη μου εσύ» που αγαπήθηκε πολύ από το κοινό και έγινε αμέσως ραδιοφωνική επιτυχία.
Το 2012 σε συνεργασία με την ορχήστρα παραδοσιακής μουσικής Εστουδιαντίνα δημιουργούν το CD «Η Σμύρνη του έρωτα» το οποίο περιείχε ερωτικά τραγούδια γραμμένα από τις αρχές του ’20 έως και τον Β’ Παγκόσμιο πόλεμο είτε στην Σμύρνη, είτε από Σμυρνιούς δημιουργούς.
Στον δίσκο «Μουσικό κουτί» που ήρθε το 2013 ο Γιάννης Κότσιρας υπογράφει την μουσική όλων των κομματιών ενώ επίσης συνεργάζεται στιχουργικά με τους δημιουργούς Άρη Δαβαράκη, Οδυσσέα Ιωάννου, Όλγα Μοσχοχωρίτου.
Μια ξεχωριστή συνεργασία έλαβε χώρα το 2015 η οποία είχε ως αποτέλεσμα την γέννηση του δίσκου « Ό,τι θυμάσαι δεν πεθαίνει». Ο λόγος για τους Θάνο Μικρούτσικο, Οδυσσέα Ιωάννου και Γιάννη Κότσιρα που ένωσαν τις δυνάμεις και το ταλέντο τους για να δημιουργήσουν ένα άρτιο μουσικό αποτέλεσμα.
Το 2016 ο καλλιτέχνης μας παρουσιάζει την νέα δισκογραφική του δουλειά που ονομάζεται «Ψεύτης Καιρός». Για τον δίσκο αυτό συνεργάζεται με πολλούς καταξιωμένους δημιουργούς όπως οι Μάνος Ελευθερίου, Αντώνης Kαλούδης, Πόλυς Κυριάκου, Κώστας Λειβαδάς, Βαγγέλης Μαχαίρας, Αντώνης Μιτζέλος, Νίκος Μωραΐτης, Σταυρούλα Παγώνα, Σταύρος Σιόλας, Γιάννης «Μπαχ» Σπυρόπουλος, Σταύρος Σταύρου, Δημήτρης Υφαντής και Rous.